Linha Pesquisa I: Formação, Institucionalização e Apropriação dos Espaços: esta linha trata das territorialidades urbanas e agrárias e da institucionalização dos espaços geopolíticos. Concebe que o espaço é vivenciado pelas ações humanas de expansão, habitação, uso, segregação e instituição social dos meios naturais e humanos. A ênfase está numa história social dos espaços, tais como os processos históricos de conquista e exploração do solo; a organização e os conflitos do trabalho no campo e na cidade; a formação e transformação dos núcleos urbanos; a mobilidade humana; o papel das instituições formalmente estabelecidas nas formações espaciais; a expansão das fronteiras e a emergência dos territórios e sua apropriação por diferentes grupos sociais.

Linha Pesquisa II: Espaços de Memória, Cultura Material & Usos Públicos do Passado: esta linha contempla as estratégias de memória e de construção do passado nos diversos tempos históricos, enfatizando a elaboração de espaços, lugares e mecanismos de preservação e esquecimento das tradições e memórias públicas.  Concebe-se que a constituição dos espaços da recordação faz o passado tornar-se público e disponível no meio social, a partir de relações entre memória, história e vestígios. A linha enfatiza os processos de monumentalização e elaboração dos lugares de memória, dos vários tipos de patrimônio, as instituições e práticas de tutela do passado tais como os acervos, museus e arquivos; o ensino de história, os usos públicos da história em mídias e suportes, a cultura histórica e a historiográfica.

Linha de Pesquisa III: Linguagens, Identidades & Espacialidades: esta linha concebe que as espacialidades são constructos resultantes de operações simbólicas que configuram sentido ao mundo humano por imagens, discursos, representações e fazeres pelos quais emerge a materialidade dos meios sociais. Aborda-se o papel dos mais variados suportes nos processos de construção histórica da identidade e da alteridade sociais. A linha enfatiza as diferentes maneiras de simbolizar/praticar as fronteiras espaciais (locais, regionais, nacionais, transnacionais), bem como as espacializações que produzem os diversos padrões culturais (etnicidade, gênero, sexualidade, racialidade, religiosidade), as instituições simbólicas de organização do espaço (cidade, campo, paisagem, espaço público, espaço privado), as linguagens nas quais são significados os/nos espaços (literatura, cinema, pintura, teatro, fotografia, arquitetura, mídia, arte pública, música).