Banca de QUALIFICAÇÃO: LUCAS FELIPE DA SILVA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LUCAS FELIPE DA SILVA
DATA : 28/02/2018
HORA: 09:00
LOCAL: BioME
TÍTULO:

TFAT – TRANSCRIPTION FACTOR ANALYSIS TOOLS

PALAVRAS-CHAVES:

TFAT. Fatores de Transcrição. Genes alvos. 

PÁGINAS: 60
RESUMO:

Atualmente  há  diversas  ferramentas  propostas  para  analise  de  Fatores  de Transcrição  (TF),  tais  como  TFCheckpoint,  JASPAR,  SSTAR,  GTRD,  Enrichr.  No entanto nenhuma dessas ferramentas  oferece  uma  experiência  completa,  onde  se possa avaliar a confiabilidade do  TF, ou seja, se  de fato um  a proteína analisada é um TF e  a  sua associação com o  gene alvo.  Ao longo  do tempo foram  construídas inúmeras  bases  de  dados,  todas  elas  com  riquíssimas  informações,  porém  a complexidade  intrínseca  do  dado,  o  volume  de  informações ,  problemas  de nomenclatura dos nomes dos genes e diversos outros fatores fizeram com que tais ferramentas não oferecessem um espectro completo da analise.  Por outro lado, para se trabalhar com um  grande volume de dados, se  requer conhecimentos avançados de computação. Entretanto, o grande público  interessado em analisar esses dados são  profissionais  procedentes  das  áreas  biológicas.  Configurando-se  como  uma barreira,  uma  vez  que  a  formação  acadêmica  desta  área  não  oferece  em  seus componentes  curriculares  disciplinas  de  programação.  Diante  desta  situação,  este trabalho tem como objetivo criar uma ferramenta web destinada exclusivamente para analise dos TFs. Contendo a integração de diferentes bases de dados e um conjunto de scripts para manipular estas informações, juntamente com os parâmetros cruciais definidos pelo usuário em sua analise foi idealizado  e  desenvolvido  o Transcription Factor Analysis Tools (TFAT).  O cerne  desta ferramenta é a analise  para identificar os TFs chaves na modularização da transcrição gênica, ou seja, o enriquecimento dos TFs reguladores de uma lista de genes submetida pelo usuário, que através dos scripts que integram a mesma, consulta  sua base de dados, identificam os  TFs  que estão  associados  aos  genes  da  lista  e  calcula  o  p-value  de  enriquecimento  e metodologia usada para tal. Além disso, a ferramenta  verifica a confiabilidade do TF, disponibiliza as predições realizadas e converte os itens de uma lista para o GeneID ou Symbol do Entrez Gene.  Outro recurso presente neste trabalho é a utilização da confiabilidade  do  TF  aplicado  em  toda  a  ferramenta.  Esse  grau  de  confiabilidade leva  em  consideração  evidências  de  diferentes  bases  de  dados,  experimentos, predições e outras características dos TF. Possuindo um modo padrão e um modo com  parâmetros  definidos  pelo  próprio  usuário,  este  recurso  de  confiabilidade permite  toda  uma  personalização  por  meio  de  filtros  nas  consultas  e  controle  de analise para o usuário final.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA
Interno - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN