Imunoterapia contra o câncer; Antígenos tumorais; Antígenos câncer-testículo (CTAs); RNA-seq de célula única (scRNAseq); Heterogeneidade tumoral; Especificidade para células malignas; Especificidade de expressão gênica; Bioinformática.

A identificação de antígenos tumorais permanece um desafio relevante para a imunoterapia contra o câncer, uma vez que a expressão em tecido tumoral não implica necessariamente especificidade para células malignas. Neste estudo, foram integrados dados de RNA-seq de célula única (scRNAseq) compreendendo 355.797 células de nove tipos tumorais, com o objetivo de avaliar sistematicamente a especificidade celular de candidatos a antígenos tumorais. Utilizando uma métrica baseada na taxa de detecção e adaptada do modelo de especificidade do Human Protein Atlas, a especificidade gênica foi avaliada em 21 populações celulares, resultando na identificação de 226 genes enriquecidos em células malignas entre 22.779 genes avaliados. Os genes candidatos foram posteriormente caracterizados quanto à categoria antigênica, expressão em populações não malignas, recorrência entre os tipos tumorais e evidências de epítopos obtidas em bases de dados imunológicas públicas. Embora um conjunto restrito de genes tenha apresentado forte especificidade para células malignas, diversos genes de antígenos câncer-testículo (CTAs) foram inesperadamente enriquecidos em populações não malignas, particularmente monócitos e células microgliais, destacando possíveis limitações de sua utilização como alvos específicos de tumores. Três candidatos, CYP2J2, LINC00240 e MYO5B, foram detectados nas células malignas dos nove tipos tumorais, enquanto 113 candidatos apresentaram associações previamente descritas com epítopos. A integração entre especificidade, recorrência e evidências imunológicas permitiu a priorização de candidatos com potencial relevância para a imunoterapia contra o câncer, incluindo AGR2, AP1M2, CLDN6, DLL3, MAGEC2 e PLAC1. Em conjunto, os resultados demonstram que análises de especificidade em resolução celular fornecem uma abordagem sistemática para a identificação de candidatos a antígenos tumorais e reforçam a importância de avaliar esses candidatos além dos padrões de expressão observados em tumores analisados em nível global.