Análise das redes de interações proteína-proteína em tecido-específicos
Redes, proteínas, interatoma, tecido-especifico, grafos.
As redes de interação proteína-proteína representam um mecanismo complexo de associações entre proteínas no interior de uma célula, servindo como modelos fundamentais para a compreensão de processos celulares e etiologia das doenças. Essas interações são cruciais para diversas atividades biológicas, incluindo transdução de sinal, metabolismo celular e respostas imunes. No entanto, o interatoma canônico, ao consolidar interações independentemente do contexto tecidual, incorpora associações baseadas em evidências globais que nem sempre ocorrem simultaneamente no mesmo microambiente, introduzindo ruído biológico e potenciais falsos-positivos. Reconhecendo que a expressão proteica não é uniforme, este trabalho propôe o mapeamento e a análise de sub-redes PPI específicas para 52 tecidos, visando aumentar a resolução e a acurácia das análises das interações. A metodologia consistiu na integração de dados de expressão de 52 tecidos do projeto GTEx com o interatoma canônico humano (19488 proteínas e 1.858.944 interações com pontuação combinada ≥ 400) da base STRING DB. O fluxo de trabalho abrangeu a coleta e o pré-processamento dos dados (remoção de duplicatas, genes não codificadores de proteínas) a associação das interações aos tecidos, o cálculo das métricas de rede (grau, diâmetro, intermediação) e a análise desses resultados. Para a localização das sub-redes, empregou-se uma análise estatística dos níveis de expressão gênica em cada tecido, baseada em regressão linear e na comparação das médias marginais, sendo considerados expressos os genes que apresentaram resultados estatisticamente significativos em cada tecido. Os achados revelam uma diferença expressiva entre a rede canônica e as sub-redes teciduais, com o interatoma canônico contendo um número substancialmente maior de proteínas e interações. A delimitação das sub-redes de interação tecido-específicas mostra-se uma estratégia fundamental para concentrar a atenção nas proteínas efetivamente presentes no contexto tecidual, aumentando a acurácia dos resultados e proporcionando uma visão de maior resolução da biologia celular.