Banca de DEFESA: FABIO JORDAO DE OLIVEIRA PEGADO

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : FABIO JORDAO DE OLIVEIRA PEGADO
DATA : 28/04/2026
HORA: 14:30
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

AlphaUnfold: Automação de Predição Estrutural e Testes de Estabilidade por Dinâmica Molecular de Alta Pressão

PALAVRAS-CHAVES:

alphafold3, namd3, dinâmica molecular de alta pressão, predição estrutural de proteínas, estabilidade de proteínas, automação de workflow

PÁGINAS: 98
RESUMO:

A predição de estruturas tridimensionais de proteínas foi revolucionada pelo advento do AlphaFold3, que gera modelos estruturais a partir de sequências primárias acompanhados de métricas de confiança, como o pLDDT. Este trabalho apresenta a AlphaUnfold, uma aplicação desenvolvida para automatizar o fluxo de predição estrutural e submeter os modelos resultantes a testes de robustez via simulações de dinâmica molecular (MD) com o software NAMD3. Para otimizar o tempo computacional, as simulações são aceleradas por GPU e pela aplicação de alta pressão (1000 atm), permitindo a avaliação da estabilidade estrutural em trajetórias curtas de 5 ns — uma redução significativa em comparação aos 200-500 ns convencionais. Os resultados demonstraram uma correlação linear inversa entre os valores médios de pLDDT e o RMSD (Root-Mean-Square Deviation) alcançado nas simulações. Além disso, observou-se que resíduos com baixo pLDDT coincidem com regiões de maior flutuação estrutural durante a MD. A aplicabilidade da ferramenta foi validada em estudos de enriquecimento proteico com aminoácidos essenciais. Substituições progressivas por Arginina, orientadas pelo critério de estabilidade do mCSM, geraram variantes com estabilidade decrescente, permitindo à AlphaUnfold determinar com precisão o limite aceitável de substituição. Adicionalmente, foram realizados testes com a mioglobina (proteína modelo) e a faseolina (proteína de reserva do feijão), cujos resultados de estabilidade foram obtidos de forma célere via automação. A aplicação AlphaUnfold encontra-se disponível no GitHub para uso da comunidade científica.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - ***.501.268-** - JOSÉ MIGUEL ORTEGA - UFMG
Interno - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN
Externo à Instituição - LUCAS BLEICHER - UFMG