Banca de QUALIFICAÇÃO: LAURA SHIMOHARA BRADASCHIA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LAURA SHIMOHARA BRADASCHIA
DATA : 16/02/2026
HORA: 08:30
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

Aplicação de Teoria de Grafos na Análise e Visualização de Ensembles Conformacionais

PALAVRAS-CHAVES:

folding proteico; ensemble conformacional; teoria de grafos; rede de interação entre resíduos (RIN); dinâmica molecular (MD), web-ferramentas; bioinformática

PÁGINAS: 32
RESUMO:

A relação intrínseca entre a estrutura de proteínas e sua dinâmica de enovelamento permanece elusiva, apesar do crescimento significativo que a biologia estrutural experimentou nos últimos anos. Isso se deve à crescente compreensão da natureza não estática das proteínas, cujas funções frequentemente dependem de mudanças conformacionais e interações complexas que ocorrem em um ensemble conformacional. Entre as abordagens computacionais que buscam compreender essas propriedades dinâmicas, a análise de Redes de Interação de Resíduos (RIN) surgiu como uma ferramenta poderosa. Ao representar proteínas como redes — onde resíduos se tornam nós e suas interações químicas e físicas com elementos de suas estruturas tornam-se arestas — é possível deduzir rapidamente resíduos-chave que influenciam a estrutura e a função utilizando parâmetros de rede como grau, centralidade de intermediariedade (betweenness) e coeficiente de agrupamento. Essas análises fornecem insights relevantes para a compreensão da dinâmica. No entanto, a análise RIN convencional é geralmente limitada por sua dependência de estruturas proteicas únicas e estáticas, falhando em capturar a flexibilidade inerente das transições dinâmicas que as proteínas sofrem durante seu enovelamento. Para abordar tais questões — e explorar a aplicabilidade da teoria dos grafos na análise de ensembles proteicos — apresentamos o SlytheRINs: uma ferramenta web interativa desenvolvida para a análise comparativa de conformações proteicas via RINs. A ferramenta permite a análise de ensembles dinâmicos através da decomposição de dados de redes de interação de múltiplas conformações de uma única proteína, bem como o mapeamento detalhado utilizando gráficos comparativos de interações de resíduos ao longo das mudanças conformacionais

MEMBROS DA BANCA:
Interno - ***.610.027-** - DIEGO MARQUES COELHO - UFRN
Presidente - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA
Interno - 3063244 - TETSU SAKAMOTO