Banca de QUALIFICAÇÃO: EULLE SILVA ARAÚJO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : EULLE SILVA ARAÚJO
DATA : 26/02/2021
HORA: 14:30
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

Cactus: Um pipeline para identificação e visualização de interações microbianas em rotas metabólicas utilizando dados de metagenômica shotgun

PALAVRAS-CHAVES:

Metagenômica, vias metabólicas,KEGG,Análise computacional.

PÁGINAS: 25
RESUMO:

Os microrganismos estão presentes em toda a biosfera. A importância deles na manutenção e na recuperação de vários ambientes é conhecida, mas entender como ocorrem as diversas interações a nível metabólico entre os microrganismos presentes nestes habitats ainda é difícil. No entanto, graças à metagenômica e à técnica de sequenciamento shotgun, os estudos sobre microbiotas vem crescendo e ajudando na resolução desse problema. Diversas ferramentas vêm sendo desenvolvidas para lidar com a grande quantidade de dados gerados e também ajudar na elucidação das dúvidas relacionadas a participação dos microrganismos no metabolismo de uma microbiota, dentre as mais conhecidas para esse propósito estão: MG-RAST, IMG/M e o MEGAN6. Todavia, essas ferramentas, como tantas outras, possuem uma característica em comum na análises de dados de metagenômica, que é dividir o resultado da anotação funcional e taxonômica, prejudicando assim o estudo sobre uma determinada microbiota. Pensando nisso, o objetivo geral foi desenvolver um pipeline que pudesse: I) tratar os dados brutos, realizando o controle de qualidade e remoção de ruídos, bem como II) utilizar o banco de ortólogos do KEGG para anotação funcional e consequentemente mapear as reads para suas respectivas rotas metabólicas, III) realizar a anotação taxonômica das reads que foram mapeadas para pelo menos 1 rota metabólica, e por fim, IV) juntar os resultados funcional e taxonômico, e através do uso da linguagem R e de bibliotecas disponíveis no projeto Bioconductor, criar grafos que representam redes de interação microbianas em rotas metabólicas presentes no banco de dados do KEGG. Para validar a ferramenta foram utilizados 3 metagenomas(representados no estudo como X,Y e Z), que possuem microrganismos muito utilizados na biorremediação de ambientes contaminados. Os resultados da ferramenta foram comparados com os resultados da aplicação MG-RAST. Como resultado foi visto um número maior de rotas mapeadas pela aplicação Cactus, como também o mapeamento de rotas metabólicas importantes na biorremediação, como é o caso da rota metabólica para a formação de biofilme.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1149647 - LUCYMARA FASSARELLA AGNEZ LIMA
Interno - 1880243 - DANIEL CARLOS FERREIRA LANZA
Interno - 3063244 - TETSU SAKAMOTO