INTRODUÇÃO: A enterocolite necrosante (ECN) permanece como a principal causa de mortalidade por doença inflamatória intestinal em neonatos prematuros. O uso prévio de antimicrobianos é reconhecido como fator de risco para sua ocorrência, porém pouco se sabe sobre quais antimicrobianos apresentam maior risco. Este estudo tem como objetivo identificar antimicrobianos específicos associados a um risco aumentado de ECN em neonatos em terapia intensiva. MÉTODOS: Um estudo de coorte retrospectivo avaliou 594 neonatos (idade gestacional média de 33,2 ± 4,4 semanas e peso médio ao nascer de 1.978,3 ± 1.010,2 g) sob terapia intensiva e recebendo tratamento antimicrobiano. A pesquisa foi realizada em uma Maternidade Escola brasileira. Os fatores associados à ECN foram identificados por meio de regressão logística multivariada e utilizados como variáveis de ajuste na investigação da relação entre o uso prévio de antimicrobianos e a ocorrência de ECN (p<0,05). RESULTADOS: Os fatores de risco para ocorrência de ECN incluíram idade gestacional (OR 1,250, IC95% 1,134 - 1,377), peso ao nascer (OR 0,998, IC95% 0,997 - 0,999), cardiopatia congênita (OR 4,777, IC95% 2,217 -10,293), marcador de resistência à meticilina Staphylococcus aureus (MRSA) (OR 2,748, IC95% 2,067 - 7,705) e internação prolongada (OR 1,004, IC95% 1,000 - 1,008). Meropenem foi prescrito por volta do 17º dia de internação, precedendo o diagnóstico de ECN por volta do 34º dia (17,5, IC95% 10,6 – 24,4 vs 34,5, IC95% 20,3 – 42,7 dias; p = 0,03). CONCLUSÃO: A administração prévia de meropenem foi associada a uma maior incidência de ECN em neonatos sob cuidados intensivos.