Banca de DEFESA: PAULO EDUARDO TOSCANO SOARES

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : PAULO EDUARDO TOSCANO SOARES
DATA : 01/12/2023
HORA: 08:00
LOCAL: Videoconferencia - Link para acesso: https://meet.google.com/xnj-irbr-kxm
TÍTULO:

Aplicação do sequenciamento de leituras curtas no estudo da
variabilidade genômica de organismos relevantes para a carcinicultura

PALAVRAS-CHAVES:

Sequenciamento de Leituras Curtas, Quasispécies, Heteroplasmia, Penaeusvannamei,Genotipagem.

PÁGINAS: 127
RESUMO:

Nas últimas duas décadas, o sequenciamento de leituras curtas se tornou uma
ferramenta central nos estudos genômicos permitindo a rápida e precisa descoberta de
sequências de DNA em alta quantidade. Isso viabilizou a aplicação do sequenciamento em
atividades de interesse econômico como a carcinicultura permitindo, por exemplo, a
identificação de patógenos e a genotipagem, tanto de centenas a milhares de camarões
simultaneamente quanto a detecção de variantes genéticas desses patógenos. Esse
sequenciamento pode também auxiliar na descoberta de marcadores genéticos, como os
microsatélites e SNPs, que podem ser reunidos em um painel de genotipagem, tornando
escalável e reduzindo o custo por amostra da sua aplicação.
Especificamente na carcinicultura, esta tecnologia tem se mostrado extremamente
valiosa, principalmente para o estudo do genoma de camarões. As análises dos genomas
nuclear e mitocondrial fornecem informações cruciais sobre origem, adaptabilidade e outros
aspectos evolutivos que são vitais para a otimização da criação de camarões. Devido à alta
profundidade de cobertura dos desses sequenciamentos, é possível capturar a diversidade
genética nas amostras, permitindo descobrir variações genéticas em populações mitocondriais
(heteroplasmia) ocorrendo nos camarões e nos patógenos, como os vírus que os acometem.
Surge assim, uma oportunidade única de se estudar os impactos dessa diversidade genética no
uso de marcadores mitocondriais e na descoberta de variantes e quasispécies virais. Isso se
traduz em práticas de manejo mais informadas, minimizando surtos e otimizando a saúde dos
camarões. Já a implementação de painéis baseados em SNPs é um claro exemplo do impacto
da genotipagem, demonstrando como a tecnologia pode ser usada para melhorar as práticas de
seleção genética em carcinicultura.
Neste trabalho, avaliou-se o impacto da diversidade genética mitocondrial, em um
vírus que acomete a carcinicultura e no camarão por abordagens de bioinformática. Primeiro,
foram avaliadas a ocorrência de heteroplasmia analisando-se dados do sequenciamento do
músculo de um único camarão, detectando padrões de variabilidade e conservação nos
mitogenomas desse indivíduo, além de comparar essa variabilidade interna com a observada
entre outros mitogenomas e observar o impacto em marcadores na região de controle, muito
utilizada em estudos populacionais. Segundo, avaliou-se a variabilidade genética do vírus da
mionecrose infecciosa do camarão obtido em tanques em situação de surto viral, obtendo-se o
genótipo da variante mais prevalente para análises filogenéticas, revelando sua possível
origem e relação com demais linhagens existentes, e de variantes secundárias, avaliando a
ocorrência de quasispécies virais. Por último, a partir de dados previamente existentes, foi
desenvolvido um painel de 25 marcadores de SNPs (15 genômicos e 10 mitocondriais)
objetivando a genotipagem a baixo custo do camarão Penaeus vannamei por amplificação por
PCR multiplex seguido de análises de parentesco in silico. Atualmente este último projeto
encontra-se em andamento e já teve os iniciadores avaliados, restando agora seguir com o
sequenciamento e as análises de bioinformática. Em suma, este trabalho mostrou que o
sequenciamento de leituras curtas é capaz de capturar a diversidade genética, trazendo novas
percepções para a carcinicultura ao expor o impacto em marcadores, a variabilidade viral e,
futuramente, o impacto dessa variabilidade em painéis de genotipagem.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1880243 - DANIEL CARLOS FERREIRA LANZA
Interno - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN
Externo ao Programa - 3063244 - TETSU SAKAMOTO - UFRNExterno à Instituição - JOSÉ MIGUEL ORTEGA - UFMG
Externo à Instituição - SÁVIO TORRES DE FARIAS - UFPB