Banca de DEFESA: DIEGO ARTHUR DE AZEVEDO MORAIS

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DIEGO ARTHUR DE AZEVEDO MORAIS
DATA : 08/04/2022
HORA: 15:00
LOCAL: meet.google.com/eiw-vhiz-fwp
TÍTULO:

MEDUSA: UM FLUXO DE TRABALHO PARA CLASSIFICAÇÃO TAXONÔMICA E ANOTAÇÃO FUNCIONAL DE METAGENOMAS

PALAVRAS-CHAVES:

Metagenômica, bioinformática, classificação taxonômica, anotação funcional, fluxo de trabalho.

PÁGINAS: 84
RESUMO:

A metagenômica envolve o estudo da comunidade microbiana encontrada numa amostra extraída de um determinado ambiente. Este ambiente pode ser a parede de uma caverna, uma porção de água do oceano, o intestino humano, ou qualquer fonte contendo micro- organismos de interesse. Tais estudos revelam detalhes sobre a composição taxonômica e as funções exercidas por comunidades microbianas. Como uma análise metagenômica completa requer diferentes ferramentas para diferentes propósitos, a escolha e instalação destas ferramentas representa um desafio. Além disto, o conjunto de ferramentas escolhido afeta a precisão, formatação, e os identificadores funcionais informados nos resultados, impactando a interpretação dos resultados e as respostas biológicas obtidas. O presente trabalho tem como objetivo propor um fluxo de trabalho a ser usado em análises taxonômicas e funcionais de metagenomas. Para isto, foram pesquisadas ferramentas do estado da arte disponíveis na literatura, e conjuntos de dados simulados foram criados para realizar comparações. Como resultado, ferramentas adequadas para cada etapa de análise foram selecionadas, e um fluxo de trabalho sensível e flexível para análises metagenômicas foi projetado. MEDUSA, um fluxo de trabalho eficiente para execução de análises metagenômicas completas, realiza pré-processamento, montagem, alinhamento, classificação taxonômica, e anotação funcional de dados shotgun, permitindo o uso de dicionários criados pelos usuários para transferir anotações para qualquer identificador funcional. MEDUSA inclui diversas ferramentas, tais como o fastp, Bowtie2, DIAMOND, Kaiju, MEGAHIT, e uma nova ferramenta implementada em Python para transferir anotações para resultados de alinhamento BLAST/DIAMOND. Estas ferramentas são instaladas via Conda, e o fluxo de trabalho é gerenciado pelo Snakemake, facilitando a instalação e execução. Comparado com o MEGAN 6 Community Edition, MEDUSA identifica corretamente mais espécies, especialmente as menos abundantes, e é mais adequado para análises funcionais usando identificadores do Gene Ontology.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - DIEVAL GUIZELINI - UFPR
Externo à Instituição - FABIANO CORDEIRO MOREIRA - UFPA
Interno - 2170415 - Jorge Estefano de Santana Souza
Interna - 1149647 - LUCYMARA FASSARELLA AGNEZ LIMA
Presidente - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN