Banca de QUALIFICAÇÃO: MARIA EDUARDA ANDRADE LIMA MARTINS LOPES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : MARIA EDUARDA ANDRADE LIMA MARTINS LOPES
DATA : 06/12/2019
HORA: 14:00
LOCAL: BioME - PPg-Bioinfo
TÍTULO:

CO-EXPRESSÃO DE GENES DAS VIAS BER E NER E FATORES DE TRANSCRIÇÃO EM TECIDOS CEREBRAIS

PALAVRAS-CHAVES:

reparo por excisão de bases; reparo por excisão de nucleotídeos; co-expressão de genes.

PÁGINAS: 76
RESUMO:

As vias de reparo de DNA são responsáveis por detectar e corrigir os danos provocados à molécula de DNA, contribuindo para manter a sua integridade. Destacamos aqui a via de reparo por excisão de bases (BER), relacionada ao reparo de danos leves às bases do DNA, como os provocados pelo estresse oxidativo, também atuante em neurônios e mitocôndrias, e a via de reparo por excisão de nucleotídeos (NER), relacionada à correção de danos que causam distorções na dupla hélice, como os provocados por radiações ultravioleta. Dados indicam que essas vias interagem entre si para atuar em processos relacionados não apenas ao reparo de DNA, mas também à regulação transcricional de genes com atividades diversas. Com o objetivo de avaliar a interação das duas vias entre si e com fatores de transcrição utilizamos uma abordagem de co-expressão gênica utilizando um conjunto de genes pré-selecionados com base em estudos anteriores do nosso laboratório. Desenvolvemos um script em python que calculou o coeficiente de correlação de Pearson entre cada par de genes com base em um conjunto de dados de RNASeq de 13 tecidos cerebrais do Gtex Portal e utilizamos a função pheatmap do R, que organizou os nossos resultados em blocos de co-expressão. Nossos resultados mostraram correlações positivas entre os genes das vias BER e NER assim como um conjunto de fatores de transcrição comumente co-expresso com os genes de reparo nos tecidos cerebrais. Esses resultados reforçam a interação das duas vias e a participação de NER em neurônios e nos levam a crer que esses genes co-expressos podem estar atuando em conjunto em processos biológicos que envolvem reparo e transcrição. Além disso, os blocos de co-expressão nos permitiram identificar XPC, XPA, APEX1 e TBP co-expressos entre si em todos os tecidos, o que nos faz supor que esses fatores podem estar participando de um mesmo complexo de interação em tecidos cerebrais para atuar no reparo e/ou na transcrição mediante interação com TBP. 

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA
Externa ao Programa - 1837354 - JULLIANE TAMARA ARAUJO DE MELO CAMPOS
Interna - 2261797 - TIRZAH BRAZ PETTA LAJUS