Engenharia reversa da rede regulatória do sarcoma de ewing e inferência de mestres reguladores.
Engenharia reversa da rede regulatória do sarcoma de ewing e inferência de mestres reguladores.
Câncer pediátrico. Bioinformática. Biologia de sistemas. Câncer de célula primária desconhecida.
O Sarcoma de Ewing (SE) é o segundo tumor maligno ósseo mais comum em adolescentes e jovens adultos, com alta propensão à metástase devido ao seu comportamento agressivo. Estudos mostram uma taxa de sobrevivência específica da doença de 5 anos de apenas 60%. Não há célula de origem para o SE identificada e a característica desse câncer é a ocorrência de uma translocação cromossomal entre os cromossomos 11 e 22 que resulta em um fator de transcrição aberrante através da fusão de um gene da família FET (EWSR1, geralmente) e um gene da família ETS (FLI1, geralmente). Essa translocação está associada a alteração da cromatina, o que leva a um distúrbio significativo no reguloma da célula. Os mecanismos regulatórios por trás das alterações transcricionais observadas no SE permanecem pouco compreendidas. Nós inferimos a rede regulatória transcricional do Sarcoma de Ewing e identificamos 7 fatores de transcrição como potenciais mestres reguladores. De acordo com nossos resultados, esses 7 mestres reguladores estão organizados em dois clusters: um formado pelo PAX7 e RUNX3, e outro formado pelo ARNT2, CREB3L1, GLI3, MEF2C e PBX3. Os mestres reguladores dentro de cada cluster são agonistas entre eles e os dois clusters mostram antagonismo entre eles. Com base em dados de transcrição, nós classificamos pacientes de SE de duas coortes de acordo com a ativididade de cada um dos sete regulons. Alta atividade regulatória de PAX7 e RUNX3 correlaciona com uma melhor sobrevida global, e alta atividade regulatória de ARNT2, CREB3L1, GLI3, MEF2C e PBX3 correlaciona com uma pior sobrevida global. Este trabalho contribui para uma melhor compreensão do reguloma do SE, indicando potenciais mestres reguladores que podem levar a uma potencial predição de prognóstico e fatores chaves da tumorigênese.