Banca de QUALIFICAÇÃO: DIEGO ARTHUR DE AZEVEDO MORAIS

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : DIEGO ARTHUR DE AZEVEDO MORAIS
DATA : 16/06/2018
HORA: 11:00
LOCAL: BioME
TÍTULO:

Transcriptogramer: Pacote em R para Análise Transcricional

PALAVRAS-CHAVES:

Software. Análise transcricional. Biologia de sistemas. Interação proteína-proteína. Associação funcional. Transcriptograma.

PÁGINAS: 71
RESUMO:

O transcriptograma, um método utilizado na análise de transcriptomas, utiliza dados de interação proteína-proteína para construir uma lista ordenada de genes. Nesta lista, genes são posicionados de forma que a probabilidade de interação entre seus produtos decaia exponencialmente com o aumento da distância entre suas posições. A lista ordenada de genes é então utilizada para calcular o valor de expressão médio de genes funcionalmente associados numa janela com raio configurável, permitindo a expressão diferencial de grupos gênicos não pré-definidos em estudos caso-controle. O objetivo deste estudo é a implementação de um pacote em R que use transcriptogramas e integre funcionalidades de pacotes já conhecidos pela comunidade científica, capaz de realizar: expressão diferencial, enriquecimento funcional, e visualização de rede. O pacote transcriptogramer foi implementado e encontra-se disponível no Bioconductor, um repositório para softwares open source desenvolvidos na linguagem R para utilização em bioinformática. Numa comparação entre o transcriptogramer e um pipeline combinando funcionalidades dos pacotes limma e topGO, observou-se que o transcriptogramer identificou aproximadamente 10 vezes mais termos do Gene Ontology significativamente enriquecidos, dentre os quais foram encontrados a maioria dos termos identificados pelo pipeline convencional.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA
Presidente - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN