Reservatórios são os principais recursos de água superficial no semiárido do Brasil. A grande maioria destas reservas de água está comprometida pela eutrofização. A seca severa ocorrida em 2012 contribuiu para perdas consideráveis no volume de água, influênciando a disponiblidade de recursos (nutriente e luz) para o fitoplâncton. O objetivo do trabalho foi verificar o efeito da seca na dinâmica de grupos funcionais fitoplanctônicos e verificar os fatores direcionadores de cada grupo. O efeito da seca favoreceu a homogeneidade de variávies bióticas e abióticas nos reservatórios, principalmente pela falta de fluxo dos rios intermitentes. Os grupos funcionais de cianobactérias formadoras de florações (S₁, M e S_N) dominaram ao longo do ano de 2012, nos três reservatórios estudados (Dourado, Gargalheiras e Passagem das Traíras). Os grupos estiveram relacionados à altas concentrações de sólidos voláteis, fósforo total (PT) e amônia (NH₃), além de dominar tanto em ambientes rasos como em ambientes mais profundos. Cylindrospermopsis raciborskii (grupo S_N) foi a espécie mais representativa nos três reservatórios, apresentando as maiores biomassas. O grupo M (Sphaerocavum brasiliense), ao contrário do descrito na literatura, registrou seu melhor desempenho em ambientes rasos, com mistura da coluna d’água. A abordagem dos grupos funcionais de Reynolds et al. (2002) representou uma ferramenta importante na descrição dos sistemas eutróficos do semiárido, mas não refletiu  uma resposta clara dos fatores direcionadores de cada grupo. Devido à longa dominância de cianobactérias nos reservatórios do semiárido, sugerimos que a abordagem de grupos taxonômicos indica mais claramente quais características ambientais contribuem para o melhor desemprenho desse grupo. Ambientes ricos em nutrientes, alto tempo de retenção da água, alta disponibilidade de luz durante quase todo o ano e estabilidade na coluna d’água por falta de fluxo são características dos reservatórios do semiárido que favorecem a dominância dos grupos de cianobactérias formadoras de florações. Sendo assim, nossos resultados mostram que os reservatórios do semiárido são vulneráveis à dominância de cianobactérias formadoras de florações, especialmente em períodos de eventos extremos, como seca severa, refletindo na perda da qualidade de água nos mananciais da região.