DESENHO E VALIDAÇÃO IN SILICO DE INICIADORES PARA DETECÇÃO DO CORONAVÍRUS 2 CAUSADOR DA SÍNDROME RESPIRATÓRIA AGUDA GRAVE (SARS-COV-2)
Covid-19; real time PCR; diagnóstico; desenho de primers; PCR.
O desenho de iniciadores para reação em cadeia da polimerase (PCR) que tenham como alvo segmentos conservados de genomas virais é importante para prevenir resultados falso- negativos e diminuir a necessidade de padronização de diferentes protocolos de PCR para o mesmo alvo. Neste trabalho, foi projetado e descrito um conjunto de iniciadores e sondas que têm como alvo regiões conservadas identificadas a partir de alinhamento múltiplo de 2.341 genomas de SARS-CoV-2 disponíveis no banco de dados GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Subsequentemente os iniciadores foram validados juntamente com as sondas em 211.833 sequências de genomas completos de SARS-CoV-2. Foram obtidos nove sistemas (primer direto+reverso+sondas) que potencialmente se anelam às regiões altamente conservadas do genoma do vírus identificadas nessa análise. Predições in silico também demonstraram que os iniciadores não interagem com alvos não-específicos em sequências de humanos, bactérias, fungos, Apicomplexa e outros betacoronavirus e linhagens menos patogênicas do coronavírus. A publicação das sequências destes iniciadores e sondas tornará possível validar protocolos mais eficientes para identificação do SARS-CoV-2.