Banca de QUALIFICAÇÃO: FABIO JORDAO DE OLIVEIRA PEGADO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : FABIO JORDAO DE OLIVEIRA PEGADO
DATA : 20/06/2025
HORA: 16:00
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

A-DOBRA: WEBSERVICE DE ALTO DESEMPENHO APLICADO À BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL

PALAVRAS-CHAVES:

HPC; Modelagem de proteínas; Workload; Containers; Webservices

PÁGINAS: 26
RESUMO:

A predição da estrutura tridimensional de proteínas representa um dos maiores desafios da biologia molecular moderna, sendo fundamental para o desenvolvimento de múltiplas áreas da sociedade. Métodos experimentais como cristalografia de raios-X, ressonância magnética nuclear e criomicroscopia eletrônica foram empregados por muito tempo para determinar essas estruturas, porém demandam recursos consideráveis, tempo extenso, além de não serem aplicáveis  a todas as proteínas. Esta limitação impulsionou o desenvolvimento de abordagens computacionais baseadas em inteligência artificial, destacando-se o AlphaFold, tecnologia desenvolvida pelo DeepMind que revolucionou a predição estrutural através de redes neurais de atenção e treinamento com bases de dados evolutivos. Desta forma, o objetivo deste estudo é desenvolver o A-DOBRA, um webservice de alto desempenho integrado a sistemas de computação de alto desempenho (HPC) para democratizar o acesso à modelagem de proteínas utilizando AlphaFold, fornecendo uma plataforma intuitiva para profissionais das ciências naturais sem expertise computacional. A metodologia envolveu otimizações significativas no pipeline do AlphaFold 2, incluindo melhorias nos scripts de download das bases de dados genéticas e estruturais, implementação de verificações de integridade e caminhos alternativos para tratamento de falhas. No entanto, com o lançamento da versão 3 do Alphafold, a abordagem teve que ser atualizada, com o intuito de potencializar os resultados das modelagens com o que se tem de mais moderno nessa área científica. Foram utilizados containers com Apptainer para isolamento de ambientes e integração com workload manager SLURM para otimização de recursos computacionais. No desenvolvimento web foi utilizada a linguagem PHP com o framework Laravel e o PostgreSQL.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN
Interno - 2276280 - CESAR RENNO COSTA
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA