Banca de QUALIFICAÇÃO: PAULO EDUARDO TOSCANO SOARES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : PAULO EDUARDO TOSCANO SOARES
DATA : 08/02/2019
HORA: 14:00
LOCAL: BioME
TÍTULO:

Metagenoma de um camarão Penaeus vannamei infectado com o vírus causador da Síndrome da Mancha Branca

PALAVRAS-CHAVES:

Camarão da pata branca. Penaeus vannamei. Vírus da Síndrome da Mancha Branca. Metagenômica shotgun. Amostra única.

PÁGINAS: 17
RESUMO:

O camarão de pata branca Penaeus vannamei é a espécie mais cultivada na aquicultura mundial. Ser cultivado em viveiros com densidade populacional relativamente alta leva a seleção de patógenos virulentos, causando surtos epidêmicos. Entre esses patógenos, o vírus causador da Síndrome da Mancha Branca (White Spot Syndrome Virus - WSSV) é conhecido por surtos ocorridos em meados dos anos 1990, cujas linhagens virulentas causaram mortalidades de 80% in menos de uma semana. Desta forma, o uso de estratégias preventivas tornou-se prática comum, como o uso de menores densidades de camarão por viveiros, seleção de matrizes resistentes ao WSSV e monitoramento a longo prazo dos cultivos. Recentemente, o uso de metagenômica foi sugerido para o monitoramento em aquicultura. Vários estudos usaram metagenômica 16S, para estudar a microbiota do camarão associada com indivíduos saudáveis e infectados com patógenos específicos. Outros estudos usaram metagenômica shotgun para descobrir novos vírus. Neste estudo, metagenômica shotgun foi usada para analisar o músculo caudal de um único camarão infectado pelo WSSV. Metagenômica shotgun é potencialmente mais informativa que a metagenômica por genes marcadores, permitindo a recuperação de informação genômica do hospedeiro e seus simbiontes, incluindo vírus, cuja composição pode atuar como bioindicadores do estágio da doença. Classificações taxonômicas e funcionais foram feitas para se obter os respectivos perfis dos dados metagenômicos. P. vannamei e WSSV foram os organismos mais abundantes na classificação das reads, enquanto que usando contigs resultou em, respectivamente, o camarão, bactérias e então WSSV como os contigs mais abundantes. A classificação funcional foi realizada e filtrada através do software MEGAN e resultou em menos, porém mais representativos, grupos de função proteicas. Entretanto, não foi o suficiente para estabelecer um perfil funcional da amostra. Uma classificação taxonômica a partir do BLASTx também foi realizada com o MEGAN e teve resultados similares a classificação usando BLASTn. Os resultados do BLASTn guiaram a escolha de um genoma referência para a montagem de novo do genoma mitocondrial de P. vannamei. Este estudo fornece suporte para o uso da metagenômica shotgun como uma ferramenta para o monitoramento de longo prazo nos cultivos, sendo possível recuperar simultaneamente informações úteis para a genética de populações (através do o genoma mitocondrial do camarão) e o monitoramento de symbiontes, como as bactérias e o WSSV.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1880243 - DANIEL CARLOS FERREIRA LANZA
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA