neoANT-HILL: ferramenta integrada para a detecção de potenciais neoantígenos
Neoantígenos;. Câncer. Análises Imunogenômicas.
Os neoantígenos têm gerado grande interesse na imunoterapia devido à sua capacidade de elicitar respostas imunológicas antitumorais. Os neoantígenos surgem como consequências de mutações especificas do tumor e podem ser reconhecidos pelas células T do sistema imunológico. Estudos pré-clínicos em humanos indicaram resultados promissores quanto ao uso dos neoantígenos para o desenvolvimento de vacinas imunoterapêuticas. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver uma ferramenta computacional que integre análises imunogenômicas fundamentais para a identificação e classificação dos neoantígenos. A ferramenta, denominada neoANT-HILL, foi desenvolvida na linguagem de programação Python com uma interface gráfica amigável e interativa. A ferramenta neoANT-HILL é flexível quanto ao dado de entrada aceitando dados genômicos e/ou de RNA-Seq. A partir desses dados, neoANT-HILL é capaz de identificar mutações somáticas tumor-específicas, traduzir as sequências proteicas alteradas correspondentes, realizar a tipagem in silico dos alelos de HLA da classe I, estimar a abundância dos transcritos alterados no tumor, caracterizar o perfil imunológico tumoral e estimar a afinidade de ligação entre os alelos de HLA e os peptídeos alterados. A associação dos resultados de todas essas análises imunogenômicas auxiliam na identificação e na classificação dos potenciais neoantígenos candidatos à imunoterapia.