Bioinformática aplicada à oncologia: Estudos na prospecção de alvos terapêuticos, antígenos tumorais e na dinâmica de resistência a drogas.
Proteínas de superfície. Imunoterapia. Antígenos tumorais e resistência a droga.
A pesquisa contra o câncer abrange diversas facetas, incluindo desde a compreensão de que processos biológicos são ganhos e perdidos na doença, até como essas características podem afetar a taxa de sobrevida do paciente. Nesse contexto, a bioinformática tem sido aplicada para a prospecção de possíveis candidatos para terapia e diagnóstico. A presente tese contempla o conjunto de três capítulos voltados: i) a prospecção de alvos terapêuticos; ii) identificação de possíveis antígenos tumorais; iii) compreensão de mecanismos associados à resistência droga. No primeiro capítulo, é apresentado um catálogo de proteínas de superfície celular denominado como surfaceoma. O catálogo contempla 3.758 proteínas, as quais foram categorizadas quanto as alterações genéticas e a sua influência na redução sobrevivência em diversos tumores. Além disso, foi proposta uma assinatura de três (WNT5A, CNGA2 e IGSF9B) associados a mau prognóstico em câncer de mama. No seguinte capítulo, são apresentados dados derivados de um segundo artigo, no qual são explorados aspectos adicionais relacionados a antígenos tumorais, com ênfase de CTAs – cancer-testis antigens. Como resultado, foi desenvolvido um método para priorização de possíveis antígenos tumorais em escala genômica. Em seguida, foi discutido a eficácia de combinações entre CTAs no que consta o desenvolvimento de vacinas anticâncer. Finalmente, foram elencadas combinações significativas entre HEATR9, INSL3, GTSF1L e HSF5, que abrangem em média 35% dos pacientes. Por último, o terceiro capitulo discorre sobre um trabalho em desenvolvimento, o qual envolve uma classe de proteínas com função de regulação pós-transcricionais e a sua importância na resposta a drogas anticâncer. Em particular, os achados desse capítulo sugerem uma interessante discussão sobre a regulação mediada por RBPs (RNA-Binding proteins) e a resposta a drogas em pacientes com genótipo TP53 Wildtype e TP53 Mutated. Em conclusão, a presente tese contempla três aspectos fundamentais da pesquisa contra o câncer, sobretudo no desenvolvimento de novas estratégias de tratamento e diagnóstico.