Engenharia reversa da rede regulatória do Sarcoma de Ewing revela PAX7 e RUNX3 como mestres reguladores associados a um bom prognóstico
Câncer pediátrico. Fator de Transcrição. Biologia de sistemas. Câncer de célula primária desconhecida. Reguloma.
O Sarcoma de Ewing (SE) é um tumor ósseo maligno raro com alta propensão a metástase ocorrendo mais frequentemente em adolescentes e jovens adultos. Não há uma célula de origem identificada para este câncer e o seu hallmark é a ocorrência de uma translocação cromossomal entre os cromossomos 11 e 22 que resulta em um fator de transcrição aberrante através da fuão de genes da família FET e ETS, comumente EWSR1 e FLI1. A translocação é associada com alteração da cromatina, o que leva a distúrbio significativo no transcriptoma da célula. Os mecanismos regulatórios por trás das alterações transcricionais observadas do SE permanecem pouco compreendidas. Aqui, nós inferimos a rede regulatória do SE e identificamos 7 fatores de transcrição como potenciais mestres reguladores. De acordo com nossos resultados, estes 7 mestres reguladores estão organizados em dois clusters: um que consiste do PAX7 e do RUNX3 e um outro composto pelo ARNT2, CREB3L1, GLI3, MEF2C e PBX3. Os mestres reguladores dentro de cada cluster são agonistas entre eles, e ambos os clusters agem antagonisticamente com relação ao outro. Baseado em dados de transcrição, nós classificamos pacientes de SE em duas coortes de acordo com a atividade regulatória de cada um dos 7 regulons. Alta atividade regulatória do PAX7 e do RUNX3 é associada a um melhor prognóstico e alta atividade regulatória do ARNT2, CREB3L1, GLI3 e PBX3 está associada a um pior prognóstico. Este trabalho contribui para uma melhor compreensão do reguloma do SE, indicando potenciais mestres reguladores que podem levar a um potencial preditor de prognóstico e fatores chaves para tumorigenesis.