Banca de DEFESA: LUCAS FELIPE DA SILVA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LUCAS FELIPE DA SILVA
DATA : 29/03/2018
HORA: 15:00
LOCAL: BioME
TÍTULO:

Integração de dados e desenvolvimento de métricas escalável para análise de fatores de transcrição.

PALAVRAS-CHAVES:

Fatores  de  Transcrição.  Genes  alvo.  Grau  de confiabilidade. Ferramenta web. Análise de enriquecimento.

PÁGINAS: 49
RESUMO:

Atualmente  há  diversas  ferramentas  propostas  para  análise  de  Fatores  de Transcrição  (TF),  tais  como  TFCheckpoint,  JASPAR,  SSTAR,  GTRD, Enrichr.  No entanto nenhuma dessas ferramentas oferece uma experiência completa, em que se possa avaliar a confiabilidade do TF, ou seja, se de fato uma proteína analisada é um TF e a sua associação com o gene alvo. Ao longo  do tempo foram construídas inúmeras  bases  de  dados,  todas  elas  com  riquíssimas informações,  porém  a complexidade  intrínseca  do  dado,  o  volume  de  informações,  problemas  de nomenclatura dos genes e diversos outros fatores fizeram com que tais ferramentas não oferecessem um espectro completo da análise. Por outro lado, para se trabalhar com  um  grande  volume  de  dados,  se  requer  conhecimentos  avançados  de computação. Entretanto, o grande público interessado em analisar esses dados são profissionais procedentes das áreas biológicas. Configurando-se como uma barreira, uma vez que a formação acadêmica desta área não oferece em seus componentes curriculares  disciplinas  de  programação.  Diante  desta  situação,  este  trabalho  tem como objetivo criar uma ferramenta web destinada exclusivamente para análise dos TFs. Contendo a integração de diferentes bases de dados e um conjunto de scripts para manipular estas informações, juntamente com osparâmetros cruciais definidos pelo  usuário  em  sua  análise,  foi  idealizado  e  desenvolvido  o  Transcription  Factor Analysis Tools (TFAT). O cerne desta ferramenta é aanálise para identificar os TFs chaves na modularização da transcrição gênica, ou seja, o enriquecimento dos TFs reguladores de uma lista de genes submetida pelo usuário, que através dos scripts que integram a mesma, consulta sua base de dados, identificam os TFs que estão associados aos genes da lista e calcula o p-valor de enriquecimento. Além disso, a ferramenta  verifica  a  confiabilidade  do  TF,  disponibiliza  as  predições  realizadas  e converte  os  itens  de  uma  lista  para  o  GeneID  ou  Symbol  do  Entrez  Gene.  Outro recurso presente neste trabalho é a utilização da confiabilidade do TF aplicado em toda a ferramenta. Esse grau de confiabilidade levaem consideração evidências de diferentes  bases  de  dados,  experimentos,  predições  e  outras  características  dos TFs. Possuindo um modo padrão e um modo com parâmetros definidos pelo próprio usuário, este recurso de confiabilidade permite toda uma personalização por meio de filtros nas consultas e controle de análise para o usuário final.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA
Interno - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN
Externo à Instituição - WILFREDO BLANCO FIGUEROLA - UERN