Banca de QUALIFICAÇÃO: TAYNÁ DA SILVA FIÚZA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : TAYNÁ DA SILVA FIÚZA
DATA : 28/02/2022
HORA: 16:00
LOCAL: Google Meet
TÍTULO:

Análise Computacional da Conservação de Epítopos Procariotos no IEDB

PALAVRAS-CHAVES:

Conservação de epítopos, Bactéria, Imunoinformática

PÁGINAS: 40
RESUMO:

O Banco de Dados de Epítopos Imunológicos (IEDB) concentra milhares de sequências correspondentes a epítopos peptídicos e não-peptídicos curados a partir de publicações científicas. Este banco ouro utilizado para validar metodologias computacionais em todo o mundo contém sequências provenientes de mais de quatro mil espécies as quais estão melhor ou pior representadas de acordo com o viés de estudos disponíveis. A combinação de estratégias de vacinologia reversa e pangenômica (ou panproteômica) explora a seleção de peptídeos imunogênicos compartilhados por diferentes linhagens ou espécies, possibilitando a geração de uma resposta imune protetora contra um número maior de patógenos. Para melhor interpretar os resultados obtidos por tais abordagens, se faz necessário analisar o grau de conservação dos epítopos curados e depositados no IEDB. Neste trabalho buscou-se focar nas sequências peptídicas de epítopos das quinze espécies procariotas melhor representadas no banco imunológico. Para isto, um total 951.749 epÍtopos foram obtidos do IEDB, dentre os quais foram filtrados apenas aqueles lineares e sem modificações químicas nos aminoácidos. Após ranqueamento de acordo com a espécie de origem, seguiu-se trabalhando com as seguintes espécies: Mycobacterium tuberculosis (27204 epítopos), Streptococcus pyogenes (7470), Francisella tularensis (2688), Escherichia coli (1885), Bacillus anthracis (1828), Helicobacter pylori (1176), Clostridium tetani (1143), Bordetella pertussis (1035), Mycobacterium avium (825), Staphylococcus aureus (804), Burkholderia pseudomallei (770), Shigella flexneri (745), Chlamydia trachomatis (695), Borreliella burgdorferi (694), Listeria monocytogenes (642). Os epítopos de cada espécie foram alinhados contra os proteomas das respectivas linhagens disponíveis no Centro Nacional [Americano] para Informações em Biotecnologia (NCBI) e aqueles encontrados em ao menos uma proteína de cada linhagem (identidade >= 70%) tiveram suas proteínas agrupadas com base em similaridade de sequências usando a Pipeline para Análise de Pan-Genomas (PGAP). Os agrupamentos gerados estão sendo analisados quanto ao tamanho, composição e distribuição comparada entre aqueles gerados a partir de epítopos curados como positivos ou como negativos pelo IEDB.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1267860 - GUSTAVO ANTONIO DE SOUZA
Interno - 059.501.268-07 - JOSÉ MIGUEL ORTEGA - UFMG
Interno - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN