Banca de QUALIFICAÇÃO: CAYRO DE MACÊDO MENDES

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : CAYRO DE MACÊDO MENDES
DATA : 29/06/2018
HORA: 10:00
LOCAL: BioME
TÍTULO:

CARACTERIZAÇÃO DE PROTEÍNAS PUTATIVAS CODIFICADAS PELAS REGIÕES VARIÁVEIS DO GENOMA DO VÍRUS DA SÍNDROME DA MANCHA BRANCA (WSSV): UMA ABORDAGEM IN SILICO

PALAVRAS-CHAVES:

Litopenaeus vannamei. Camarão. Whispovirus. Ab initio.

PÁGINAS: 30
RESUMO:

A caracterização in silico vem sendo empregada como uma alternativa mais acessível para predição de sequências proteicas que não podem ser reproduzidas in vitro ou ter suas estruturas cristalizadas, bem como pode fornecer dados que complementam abordagens experimentais. O vírus causador da síndrome da mancha branca (WSSV) é um dos maiores problemas enfrentados pela carcinicultura mundial, causando consideráveis danos econômicos. Apesar de os efeitos do vírus nos cultivos serem bem conhecidos, até o momento existem poucas informações sobre os mecanismos de infecção e replicação viral, principalmente devido ao fato de grande parte de suas sequências codificantes não apresentarem homologia com sequências conhecidas. Além disso o genoma do WSSV apresenta algumas regiões codificantes que variam entre os diferentes isolados, que até o momento não foram caracterizadas funcionalmente, denominadas ORF75, ORF94, ORF125, ORF23/24, ORF14/15. Esse trabalho teve como objetivo a caracterização in silico das proteínas putativas codificadas pelas regiões variáveis do genoma do WSSV, no intutito de se identificar possíveis funções. Foram empregadas análises filogenéticas a partir do alinhamento de dez sequências genômicas do WSSV obtidas do GenBank. As regiões variáveis das ORF75, ORF94 e ORF125 foram alinhadas e suas unidades de repetição e SNPs anotados através da plataforma Geneious. As sequências de aminoácidos foram submetidas a buscas por homólogos remotos, motivos,  domínios conservados, reconhecimento de fold e predição estruturas secundárias e terciárias. Foi possível modelar estruturas terciárias de domínios proteicos e inferir possíveis funções que incluem um motivo de reconhecimento de RNA associado a processos pós-transcricionais entre as posições 70-150 da ORF23, um motivo Ankyrim repeat (ANK) atuando em conjunto com o domínio RING-H2 na modulação da proteólise dependente de Ubiquitina na ORF125, helicases de reparo na ORF23/24,  uma proteína associada a polimerização de filamentos de actina (ORF14/15) e uma proteína semelhante a subunidade HA2 da hemaglutinina do Influenzavirus (ORF23/24). Também foi possível detectar assinaturas associadas a sinais de localização nuclear dentro das unidades de repetição das sequências de aminoácidos codificadas por ORF75 e ORF94 que podem estar envolvidos na emissão de sinais para proteínas carreadoras do núcleo da célula hospedeira. Por meio desses resultados foi proposto um modelo de atuação para cada uma das proteínas estudadas.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1880243 - DANIEL CARLOS FERREIRA LANZA
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA