A matrícula nas turmas é realizada pelo próprio aluno, por meio do SIGAA. Normalmente no semestre com entrada de alunos regulares o programa oferece as disciplinas obrigatórias. É altamente recomendável que o calouro se matricule nelas.

Vale ressaltar que aluno especial só pode se matricular em disciplinas do próprio Programa.

O aluno pode trancar uma disciplina na qual está matriculado até um terço do período total da mesma, por meio do SIGAA. Após esse prazo, será necessário cursá-la até o final ou ser reprovado.

Atenção: Bolsistas da CAPES e do REUNI que forem reprovados em alguma disciplina perdem a bolsa. Alunos com duas reprovações são desligados.

No caso do estágio-docência, qualificação e defesa, o discente deve enviar um e-mail para secretaria solicitando a matrícula. Para regularizar a proficiência, basta enviar o certificado de aprovação através do e-mail.