A escassez de água é uma realidade para os habitantes da região semiárida brasileira. O problema, em termos quantitativos, é ocasionado em virtude das condições climáticas locais refletindo, principalmente, em um déficit hídrico. Em termos qualitativos, decorre dos múltiplos usos e consequente contaminação pelas atividades humanas. A eutrofização apresenta-se como uma ameaça para o uso sustentável dos recursos hídricos, tendo em vista favorecer a predominância de densas populações de cianobactérias, as quais podem ser potencialmente prejudiciais à saúde humana. O objetivo deste estudo é compreender a dinâmica das populações de cianobactérias e do fitoplâncton utilizando as abordagens dos grupos funcionais fitoplanctônicos e o índice de assembleia (Q) para avaliar a qualidade de água dos reservatórios Santa Cruz do Apodi e Pau dos Ferros pertencentes à bacia hidrográfica do rio Apodi-Mossoró, a qual está totalmente inserida na região semiárida brasileira. Além disso, acredita-se que estudos de percepção ambiental constituem uma etapa inicial e primordial na sensibilização da população para preservação dos recursos hídricos. Amostras de água foram coletadas mensalmente entre outubro de 2011 e maio de 2012 nos reservatório Santa Cruz e Pau dos Ferros, neste último, em jan/12 foi realizado um perfil nictemeral, as coletas ocorriam sempre em um ponto próximo ao talude principal da barragem e foram realizadas durante um período de estiagem atipica. As variáveis abióticas obtidas em campo e no laboratório foram: temperatura da água, oxigênio dissolvido, pH, turbidez, transparência, nitrogênio total e fósforo total. As amostras do fitoplâncton foram coletadas com rede de plâncton e garrafa de Van Dorn e preservadas em formol e lugol acético, respectivamente. Foram realizados: identificação, quantificação, cálculo do biovolume, classificação em grupos funcionais e cálculo do índice de assembleia fitoplanctônico (Q), cianotoxinas foram quantificadas pelo método ELISA. Análises estatísticas deram suporte à avaliação da dinâmica entre fatores bióticos e abióticos. Aplicação de questionário foi realizada para analisar as concepções prévias da população, profissionais de ensino e alunos. O reservatório Pau dos Ferros  considerado raso, turvo e eutrófico apresentou dominância do grupo funcional SN durante todo o período amostral. A biomasa fitoplanctônica variou entre 20 e 70 mm³.l^-1, os menores valores coincidiram com o aumento da zona de mistura e transparência, que contribuíram para a ocorrência de alteração na composição de espécies da