ferramentas que auxiliam na investigação do funcionamento de sistemas

biológicos sob a perspectiva de sua conservação ao longo da evolução

e de suas origens. O conceito primário para a compreensão dessas técnicas

está nas relações estabelecidas comparando os genomas de diferentes espécies para formar famílias de genes conhecidas como grupos de ortólogos. Ortólogos são genes de espécies distintas originários de um ancestral comum que, tipicamente, desempenham funções similares nos respectivos organismos. Observando-se a distribição dos ortólogos numa árvore de espécies é possível determinar em que ponto da evolução mais provavelmente emergiu a característica funcional representada por aquele grupo de ortólogos. Embora este processo seja trivial quando empregado a um único gene, sua aplicação em larga escala permanecia desafiadora. O algoritmo Bridge, implementado na linguagem R através do pacote GeneBridge, permite interrogar simultaneamente milhares de grupos de ortólogos, atribuindo uma raiz evolutiva a cada um, bem como reportando a consistência e a confiabilidade estatística das inferências realizadas. Este trabalho coloca-se como uma referência definitiva para o método de inferência de raízes evolutivas empregado pelo algoritmo bridge,

detalhando sua lógica, implementação, acurácia e performance computacional.