Banca de DEFESA: JOAO VICTOR VILLAS BOAS SPELTA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : JOAO VICTOR VILLAS BOAS SPELTA
DATA : 30/09/2024
HORA: 08:00
LOCAL: Google Meet, https://meet.google.com/ecu-hwmu-ktx
TÍTULO:

PREDIÇÃO DE EFEITOS DE VARIANTES DE NUCLEOTÍDEO ÚNICO RELACIONADAS À DETERMINAÇÃO SEXUAL EM Carica papaya (caricaceae)

PALAVRAS-CHAVES:

SnpEff; Genoma; Hermafroditismo.

PÁGINAS: 49
RESUMO:

O mamão (Carica papaya) produz um dos frutos mais consumidos ao redor do mundo constituindo alta importância econômica, principalmente nas regiões tropicais. O comércio do mamão se utiliza majoritariamente de cultivares gino dioicos com uma proporção de 1:1 ou 2:1 de hermafroditas e fêmeas. Por motivações comerciais e também inerentes ao cultivo, é desejável a maior quantidade de hermafroditas possível. De forma geral, ainda não é possível produzir apenas sementes hermafroditas, portanto, o sexo da planta é identificado, normalmente, por métodos convencionais após a primeira floração do mamoeiro. Essa ocorre cerca de 4-6 meses depois do plantio da muda, sendo costumeiro o descarte das fêmeas no final. Visando evitar desperdícios de recursos e um rendimento maior da colheita, os produtores também podem recorrer a métodos moleculares por meio de marcadores sexuais. Entretanto, essa alternativa também possui suas limitações, entre elas, o custo elevado. Tendo em vista as adversidades citadas, muitos pesquisadores empenharam-se a estudar o processo de determinação sexual em C. papaya, mas os fatores atuantes diretamente nesse processo permanecem desconhecidos. A elucidação desse mecanismo além de ser de grande interesse agronômico, também se caracteriza como uma grande oportunidade para C. papaya se consolidar como modelo de estudo para pesquisas acerca de cromossomos sexuais de origem recente na história evolutiva. Portanto, neste trabalho, procurou-se usar uma estratégia em bioinformática para abordar o tema. Realizou-se um estudo de associação entre genótipos e fenótipos para encontrar possíveis fatores genéticos envolvidos na determinação sexual a partir de dados de resequenciamento de 36 indivíduos (24 mamoeiros machos e 12 hermafroditas) obtidos em bancos de dados públicos. O estudo de associação foi precedido por uma chamada de variantes realizada no BCFTOOLS, que encontrou 75.607 variantes, restando 37.027 após as filtragens. Foram então realizados estudos de associação utilizando o programa PLINK com as variantes já filtradas e dentre essas, 251 das mais significativas foram submetidas ao programa SnpEff para anotação das variantes, retornando 449 efeitos, entre eles, 402 com nível de impacto modificador, 22 com impacto leve e 25 de efeito moderado. Realizou-se também inferências e anotações dos genes a partir do software Augustus e alinhamentos do tipo BLASTP com as sequências dos genes que tiveram efeitos moderados preditos pelo SnpEff, assim como, montagens de novo do genoma de uma amostra macho e seu alinhamento com a região determinante do sexo hermafrodita. Seus resultados foram registrados e comparados com o que já foi realizado na literatura. Isso permitiu concluir que os resultados obtidos constituem um ponto de partida para estudos mais robustos na compreensão dos mecanismos moleculares da determinação sexual em C. papaya.

MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - WELISON ANDRADE PEREIRAUNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS - UFLA
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA
Presidente - 3063244 - TETSU SAKAMOTO