Desenho e validação in silico de primers para reação em cadeia da polimerase para detecção de síndrome respiratória severa aguda do coronavírus 2 (SARS-CoV-2)
Covid-19. Bioinformática. Diagnóstico. PCR.
O desenho de primers para reação em cadeia da polimerase (PCR) que tenham como alvo segmentos conservados de genomas virais é importante para prevenir resultados falso- negativos e diminuir a necessidade de padronização entre diferentes protocolos de PCR. Neste trabalho, foi projetado e descrito um conjunto de primers e sondas que têm como alvo regiões conservadas identificadas a partir de alinhamento múltiplo de 2.341 genomas de SARS-CoV-2 disponíveis no banco de dados GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Subsequentemente os primers foram validados juntamente com as sondas em 211.833 sequências de genomas completos de SARS-CoV-2. Foram obtidos nove sistemas (primer direto+reverso+sondas) que potencialmente anelam às regiões altamente conservadas do genoma do vírus desta análise. Predições in silico também demonstraram que os primers não interagem com alvos não-específicos em sequências de humanos, bactérias, fungos, Apicomplexa e outros betacoronavirus e linhagens menos patogênicas do coronavírus. A disponibilidade das sequências destes primers e sondas tornará possível validar protocolos mais eficientes para identificação do SARS-CoV-2.