| Ementa/Descrição: |
1. Introdução à Simulação por Dinâmica Molecular
2. Simulação de Líquidos: Conceitos, Métodos e Protocolos de Simulação
3. Simulação de Sistemas Macromoleculares – Proteínas, Interação Ligante-Receptor e Membranas.
4. Pacote de Simulação GROMACS: principais comandos, simulação e análise de trajetória.
5. Ferramentas CHARMM-GUI: funcionalidades
6. Aplicações gerais.
7. Modelagem de Materiais: Sistemas Cristalinos, Sistemas Poliméricos e Sistemas amorfos
8. Cálculos de Estrutura Eletrônica e Simulações de processos em bulk, superfícies e interfaces
9. Cálculos de sistemas com defeitos pontuais
10. Cálculo de propriedades mecânicas e térmicas
11. Simulação da interação gás/sólido: isotermas de adsorção; difusão de gases em materiais porosos.
12. Atividades práticas
13. Projeto final |
| Referências: |
BIBLIOGRAFIA BÁSICA:
1. LEE, J, G. Computational Materials Science: An Introduction. CRC Press. 2a Ed. 2017
2. R. A. EVARESTOV. Quantum Chemistry of Solids: The LCAO First Principles Treatment of Crystals. Springer. 2007
3. R. DRONSKOWSKI. Computational Chemistry of Solid State Materials. Wiley-VCH. 1st Ed. 2005.
4. Reviews in Computational Chemistry, Volume 21 edited by Kenny B. Lipkowitz, Raima Larter, and Thomas R. Cundari. Wiley-VCH, John Wiley & Sons, Inc. 2005. Chapter 1: Ab Initio Quantum Simulation in Solid State Chemistry.
5. A. R. LEACHD. Molecular Modeling – Principles and Applications – 2nd edition - Prentice Hall 2001.
6. D. FRENKEL, B. SMIT. Understanding Molecular Simulation. From Algorithms to Applications –Academic Pressl, San Diego, 2002.
7. M.P. ALLEN, D. J. TILDSLEY. Computer Simulation of Liquids – 2nd edition – Oxford Press, Oxford, 2017.
8. F. JENSEN. Introduction to Computational Chemistry, 3rd edition, John Wiley & Sons, Inc. 2017.
BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTAR:
Métodos em Química Teórica e Modelagem Molecular editado por N. H. MORGON, K. COUTINHO – Editora Livraria da Física, São Paulo, 2007.
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